Sejarah berdirinya BP2IP Malahayati Aceh tidak terlepas dari semangat Kebaharian Masyarakat Aceh sebagaimana tergambar dalam riwayat pejuang wanita Aceh “Laksamana Malahayati” dan semangat kehidupan berbangsa dan bernegara dalam wadah Negara kesatuan Republik Indonesia.
Selepas bencana Tsunami yang menghancurkan sebagian pesisir pantai barat dan utara Aceh pada tahun 2004, semangat untuk bangkit memulai kehidupan baru dengan masa depan yang lebih baik bagi generasi muda Aceh pada tahun 2010, dalam rangka menyiapkan sumber daya manusia pelayaran yang kompeten, professional dan beretika serta memiliki daya saing global, pemerintah provinsi Aceh memberikan sebidang lahan seluas 25 Ha yang terletak di Gampong Durung, Kecamatan Mesjid Raya, Jalan Laksamana Malahayati, Kabupaten Aceh Besar untuk dibangun Kampus Diklat Pelayaran (Rating School Aceh)